Viele körperliche Erkrankungen können von Depressionen begleitet werden. Zum Beispiel werden Depressionen manchmal beobachtet bei Infektionskrankheiten wie zum Beispiel der Virusgrippe, bei Erkrankungen des hormonellen Systems (z.B. Schilddrüsenerkrankungen und Zuckerkrankheit), bei Erkrankungen des Gehirns (z.B. Schlaganfall oder Entzündungen des Gehirns), bei Erkrankungen des Herz-Lungen-Bereiches (z.B. Herzinsuffizienz, Herzinfarkt) oder bei Krebs. Mangelerscheinungen wie der Mangel an Vitamin B12 können ebenso zu einer Depression führen wie der Missbrauch von Alkohol und Drogen. Es sieht so aus, als ob es sich häufig nicht um eine Reaktion auf die schwere körperliche Erkrankung handelt. Manchmal ist die Depression das erste Symptom der erst später zutage tretenden organischen Erkrankung. Bei Schlaganfällen zum Beispiel hängt das Auftreten einer Depression nicht so sehr von der Schwere des Schlaganfalls ab als von dem Ort im Gehirn, wo der Schlaganfall stattgefunden hat.